• Segmen Waru-Porong: Rp9000
• Segmen Waru-Gempol: Rp9000
• Gempol-Pasuruan (Grati): Rp39.000
• Gempol IC-Pandaan: Rp13.000
• Pasuruan (Grati)-Probolinggo Timur: Rp30.000
• Pandaan-Malang: Rp34.500
Adapun kalkulasi perkiraan tarif Tol Trans Jawa dari beberapa kota besar dari Jakarta menuju Cirebon/Semarang/Yogyakarta/Surabaya adalah sebagai berikut:
• Jakarta (Via Tol Japek)-Cirebon (Via GT Kanci): Rp151.500
• Jakarta (Via Tol Japek)-Semarang (Via GT Kalikangkung): Rp377.500
• Jakarta (Via Tol Japek)-Solo/Jogja (Via GT Colomadu): Rp453.500